電子書籍として販売するためのEPUBファイル作成についての作業メモです。
前提として、まず印刷用にInDesignで組版する必要があったため、印刷用データ作成後にInDesignの機能でEPUB書き出しを行い、タグの不具合等を修正するため、EPUB編集ツールを使うというスタンスです。

あくまでも印刷版レイアウトの再現を重視する書目のためなので、InDesignが書き出すEPUBには問題が多いという数々のご指摘は承知の上で、今後のためにも作業記録を書き留めておきます。

■InDesignからのEPUB固定レイアウトタイプのデータ書き出し
EPUB固定レイアウトのデータ書き出しは、以下の書籍を参考にさせていただきました。
EPUBの目次は、各章ごとのファイルに「ブックマーク」で設定しました。

(4/9追記1:デザインの都合により、柱の自動設定のために文字色「なし」で配置していた節見出しのテキストが、EPUB書き出しすると文字色「黒」で出てきてしまいます。版面に文字色「なし」でテキストを配置する方法は使えません。柱は「セクション」で設定し直しました。)

『InDesignパーフェクトブック』
「InDesignの勉強部屋」を運営するYUJIさんが執筆された書籍(ダウンロード版PDF)です。

『InDesign CS6で作るEPUB 3 標準ガイドブック』
境祐司・林拓也・森裕司・向井領治 共著/翔泳社

■EPUBの編集
InDesignでは段落行頭の1字下げを「文字組アキ量設定」で行いますが、EPUB書き出しをすると、この行頭1字下げが解除されてしまいます。これはなんとかならないものでしょうか(InDesign CC 2015)。
今のところEPUBエディタで編集するしかないと思うので、いろいろ試している段階です。

Calibre(Version: 2.82.0)
Download for OS X
以前使っていたCalibreがバージョンアップしていたので、再び試してみたところ、以前よりわかりやすいインタフェースでまあまあいけそうです。しかし段落行頭の1字下げをすべて手作業でというのは、かなりアホらしい作業です。やるしかないんですかね。InDesignを最新のCC 2017にすると解決するのかしら。

(4/9追記2:InDesignのEPUB固定レイアウトはテキストと画像を絶対配置で印刷紙面の1行ずつマークアップされるので、行頭スペース追加や文字の追加削除など行ってはいけないのだと思います。結局InDesignに戻って、行頭1字空きは段落スタイルのインデントで設定し直すことにしました。)

Calibreはプレビュー画面を見ながらソースを編集でき、変更がほぼリアルタイムでプレビューできるので、Sigilより使いやすいかもしれません。
SigilもEPUB 3に正式対応したとのことなので(電書ラボさんのブログ記事)、こちらも試してみる必要はありそうです。

■作成したEPUBのチェック
編集完了したEPUBデータを、EPUB 3の仕様に準拠したものになっているか、以下のサイトでチェックします。
EpubCheck

以下の書籍も参考にさせていただきました。
『EPUB 3とは何か?』
Matt Garrish 著/高瀬拓史 訳/オライリー・ジャパン